المتحف الجيولوجي المصري هو متحف يقع في زهراء المعادى. أنشيء المتحف عام 1901 عقب إنشاء الهيئة العامة للمساحة الجيولوجية المصرية عام 1896 والتي أمر بانشائها الخديوي إسماعيل. يُعد المتحف الجيولوجي المصري هو الأول من نوعه في الشرق الأوسط والعالم العربي وإفريقيا.
كان أول أمين للمتحف هو تشارلز وليم أندروز 1904، ثم تبعه هنري أوربورن 1906، بينما كان الدكتور حسن صادق هو أول أمين مصري للمتحف. احتفل المتحف باليوبيل الماسي عام 1979 حيث صدر طابع بريد تذكارى بهذه المناسبة.
يتبع المتحف الهيئة المصرية العامة للثروة المعدنية (الهيئة العامة للمساحة الجيولوجية سابقا) والتي كان الغرض من إنشائها دراسة كل أنواع الصخور والتربة بالأراضى المصرية والرواسب المعدنية وغيرها مما له قيمة اقتصادية بالأراضي المصرية. وتم إنشاء المتحف الجيولوجي المصري كأحد أقسام المساحة الجيولوجية في مبنى على الطراز اليوناني-الروماني داخل حديقة وزارة الأشغال وافتتح للجمهور في الأول من ديسمبر عام 1904 حيث ضم حفريات لحيوانات فقارية وثديية جمعت من محافظة الفيوم عام 1898.
ظل المتحف في مكانه حتى عام 1982 حين تم هدم المبنى الأصلي لإنشاء مترو أنفاق القاهرة. نقلت مقتنيات المتحف إلى موقعه الحالي بمنطقة أثر النبي على كورنيش النيل.
المتحف تخدمه مكتبة بها مراجع تعود إلى عام 1778 ، بالإضافة إلى مراجع حديثة وببليوغرافيات. هذه متاحة للجمهور والعلماء. يضم المتحف أيضًا بعض المختبرات المتخصصة للدراسات المعدنية والصخرية والحفريات (الفقاريات واللافقاريات). تم عمل نماذج للحفريات الفقارية النادرة لتسهيل الدراسات التفصيلية والحفاظ على العينات الأصلية. يشارك المتحف في الدراسات التي أجريت على المحميات والمعالم الجيولوجية البارزة من أجل زيادة الوعي البيئي العام.
تعد الأبحاث المشتركة والتعاون مع المسوحات الجيولوجية الدولية الأخرى والجامعات والمتاحف من بين الاهتمامات الرئيسية للمتحف. التعاون مع جامعة ديوك (الولايات المتحدة الأمريكية) ، ومتحف تورنتو وميلانو الجيولوجي (إيطاليا) ، ومتحف التاريخ الطبيعي في لندن (المملكة المتحدة) أمثلة جيدة. كما يتم تقديم الدعم للمتاحف المحلية في الجامعات والمدارس. ويشمل ذلك توفير عينات وتدريب معلمي المدارس الثانوية والمتخصصين من المؤسسات العلمية الأخرى.