- الإدارة العامة للشئون المالية وتشمل : 

أ- إدارة الميزانية والتمويل وتتكون من: قسم الميزانية . قسم التمويل

ب- إدارة التكاليف وتتكون من: قسم تكاليف العقود الخارجية . قسم تكاليف مشروعات وبعثات.

ج- إدارة الحسابات المالية وتتكون من: قسم الشطب . قسم الصرف.

د- إدارة المراجعة وتتكون من: قسم مراجعة مرتبات واستحقاقات العاملين . قسم مراجعة السلف المستديمة والمؤقتة والاستحقاقات الإدارية . قسم مراجعة المطالبات واستحقاقات الموردين والتحويلات الخارجية.

هـ- قسم الخزينة.

. إختصاصات الإدارة العامة للشئون المالية :

- إعداد مشروع الموازنة التخطيطية السنوية للهيئة علي ضوء خطة أعمال البحث والاستكشاف وما ستقوم الهيئة بتنفيذه من مشروعات علي أساس البيانات والمقترحات التي ترد لها من الإدارات والأقسام والوحدات الفنية والإدارية.

- عرض مشروع الموازنة التخطيطية علي مجلس إدارة الهيئة وإدخال التعديلات التي يقرها المجلس علي الموازنة .
- إرسال  الموازنة التخطيطية المعتمدة من مجلس إدارة الهيئة الي الجهات المختصة.

- مناقشة الموازنة التخطيطية مع وزارات البترول والمالية والتنمية الإقتصادية وإمداد هذه الجهات وغيرها بكافة البيانات والمعلومات التي تطلبها.

- تبليغ الإدارات والأقسام والوحدات المختلفة بالهيئة بالموازنة السنوية بعد إعتمادها.

- متابعة ورود التمويل المعتمد للهيئة بموازنتها السنوية من جهات التمويل المختلفة.

- تحصيل الموارد الأخرى.

- متابعة تنفيذ الموازنة المعتمدة للهيئة وامساك سجلات الارتباطات اللازمة لذلك.

- إعداد البيانات المالية الدورية التي تطلب للجهات المختلفة.

- تدبير النقد الأجنبي اللازم لتوفير احتياجات الهيئة أو السداد المستحق عليها.

-مراجعة كافة مستندات الصرف والتأكد من صحتها وسلامتها قبل الصرف ومطابقتها للقوانين واللوائح المالية والتوجيه المالي. 

-  مراجعة التسويات المالية.

- متابعة صرف وسداد كافة المطالبات.

- سداد كافة المطالبات الخارجية بالعملات الحرة ومتابعة تحويلها بالبنوك.

- القيد بالدفاتر المحاسبية المعمول بها في الهيئة.

- استخراج الشيكات وأذون الصرف سدادا لكافة المستحقات.

- قيام خزينة الهيئة بامساك السلفة المستديمة للصرف منها علي النثريات الصغيرة والعاجلة.

- إستلام النقدية الواردة بخزينة الهيئة وتوريدها للبنك.

- إعداد البيانات الشهرية والدورية المطلوبة لوزارة المالية.

- إعداد الحسابات الختامية السنوية للهيئة واعتمادها من مجلس إدارة الهيئة وإدخال مايراه المجلس من تعديلات عليها، قبل إبلاغها للجهات المختصة بالدولة .

- إعداد مراكز تكلفة لكافة أنشطة الهيئة وتوزيع المصروفات الفعلية عليها، بغرض تقييم ورفع مستوي الأداء.
- متابعة تنفيذ عقود الخبرة الجيولوجية التي تقوم بها الهيئة لحساب الغير من الناحية المالية.