تتمثل رسالة الهيئة ودورها فى :
  1. المسح الجيولوجى المتكامل للاراضى المصرية لاعداد الخرائط الجيولوجية المتخصصة بمقاييس رسم مختلفة وتطوير هذه الخرائط وتحديثها بما يتلائم مع التقدم التكنولوجى واحتياجات التنمية فى مصر.
  2. الوفاء باحتياجات الصناعة والزراعة وقطاع التشييد من خامات الثروة المعدنية.
  3. العمل على توفير خامات محلية بديلة عن المستورد.
  4. الكشف عن الخامات التقليدية وغير التقليدية وتقييمها بهدف زيادة فرص التصدير.
  5. البحث عن مصادر جديدة لمصادر الطاقة الصلبة والطاقة الحرارية وتقييمها للاستفادة منها.
  6. الكشف عن الاماكن المتوقعة للمياة الجوفية وخاصة فى الاماكن الصحراوية.
  7. دراسة المخاطر الطبيعية والبيئية ومنها الزلازل والسيول ونحر الشواطئ بهدف الوصول الى الشكل الامثل لاستخدام الاراضى.
  8. اصدار تراخيص البحث وعقود الاستغلال لخامات المناجم وتحصيل الرسوم والاتاوات المقررة والاشراف الفنى والرقابى على الاستغلال الامثل للثروات الطبيعية.
  9. العمل على جذب وتشجيع الاستثمارات المحلية والعربية والاجنبية للمشاركة فى تنمية ثرواتنا الطبيعية.
  10. استكمال تطوير مركز المعلومات بالهيئة وامداده بكل جديد ليصبح المركز الرئيسى لعلوم الارض بمصر.
  11. القيام بالدراسات الجيوبيئية بهدف توضيح الشكل الامثل لاستخدام الاراضى.